É dever das escolas públicas e privadas responder anualmente ao Censo Escolar, conforme determina o Decreto nº 6.425, de 4 de abril de 2008.

As escolas, o Distrito Federal, os Estados e os municípios que possuem sistemas próprios de coleta de dados educacionais e que registram todas as informações exigidas pelo Censo, sobre escola, aluno, profissional escolar em sala de aula e turma, podem fazer a exportação dos dados diretamente no sistema Educacenso, utilizando a ferramenta Migração de Dados (é o caso do Estado de Minas Gerais com o SIMADE).

As escolas que não respondem ao Censo Escolar são notificadas pelo Inep, que leva ao conhecimento das Secretarias e Conselhos Estaduais e Municipais de Educação o teor da notificação e a relação das escolas faltantes, para o cumprimento do § 2º do artigo 9º da Lei de Diretrizes e Bases da Educação (LDB).

As escolas novas deverão procurar a Secretaria Estadual de Educação para obter acesso ao sistema Educacenso.

Para fins do Censo Escolar, os documentos comprobatórios das informações prestadas pelas escolas são os arquivos da secretaria, ou seja, as fichas de matrícula e o diário de classe com o registro da frequência do aluno atualizado e toda a documentação pessoal de alunos e profissionais escolares em sala de aula existente na escola.

As escolas devem manter, sob sua guarda, toda a documentação comprobatória relacionada às informações declaradas ao Censo Escolar, para eventuais verificações realizadas pelos órgãos de controle e/ou pelo Inep/MEC.