O Censo Escolar tem uma data de referência que foi instituída pela Portaria nº 264, de 26 de março de 2007. Toda última quarta-feira do mês de maio passou a ser o Dia Nacional do Censo da Educação Básica. Essa data de referência foi escolhida para se adequar ao calendário escolar de um País com a grandeza e a diversidade do Brasil. As escolas deverão preencher o Educacenso, considerando a situação naquela data, durante o período em que o sistema estiver disponível para a inclusão das informações, conforme a Portaria de Cronograma publicada no Diário Oficial da União a cada ano.

É importante destacar que o Censo Escolar da Educação Básica é realizado em duas etapas. A primeira, da matrícula inicial, coleta as informações referentes às quatro grandes dimensões: escola, turma, aluno e profissional escolar em sala de aula. Para cada uma delas são coletadas informações que buscam sua caracterização. A segunda etapa de coleta é a “Situação do Aluno” que tem por objetivo coletar as informações de rendimento (aprovado, reprovado) e movimento (transferido ou deixou de frequentar) do aluno no final do período letivo.